Shirô, capturé par Ilyasviel, est retenu prisonnier dans son château. Au moment où il s’apprête à s’enfuir en compagnie de Saber, Rin et de son servant qui s'y étaient infiltrés, leur pire ennemi, Berserk, se dresse en travers de leur chemin. Pressentant que sa mort est inéluctable, il doit prendre une décision...